巴拿马运河是淡水。
巴拿马运河是一条水闸式运河。由于运河近一半的航程是利用巴拿马地峡上的加通湖，而加通湖水面高出海平面近26米，所以从海上进入运河的船只，必须升起近26米才能进入运河，在另一端则必须下降近26米才能驶离运河，船只通过运河如同通过一座高架的水桥。为此，运河两端分别建有用来升降船只的三座巨大的水闸。运河的6座船闸均为双道对开闸门结构，以便来往船只可同时对开过往。
巴拿马运河所在中美地峡，地势并不平坦，运河两岸山峦起伏，巴拿马运河主要部分高出海平面很多。运河周边降水丰沛，水资源丰富，为了充分利用修坝蓄水，形成了面积400多平方公里的人工湖泊——加通湖。
加通湖面积大致相当于中国的洪湖或者查干湖的面积，还是很浩瀚的。加通湖也是巴拿马主要的水源地和旅游胜地。
所以巴拿马运河里流淌的是淡水，严格意义上来讲它也没有把美洲大陆分割开来，否则就可以说早在秦始皇的时候，我们中国修建了灵渠，把珠江以东长江以南挖成岛了。
巴拿马运河河道和大洋之间有落差，船只如何通行呢，这也是巴拿马运河和苏伊士运河不同，巴拿马运河有多座船闸。船闸虽然会降低通行效率，但保护了淡水资源同时也减少了工程量，还是很值得的。
巴拿马运河是淡水，它的水来自查格雷斯河，运河是通过人工蓄水形成的加通湖，水面溢过分水岭流向两侧的大洋，运河水本身与海水并无连通。
